En Brasil, el estudio se realiza en nueve transectos distribuidos en cinco sitios de la Mata Atlántica del sureste de Brasil, a lo largo de un gradiente altitudinal de 1 a 2790 m s.n.m.
El Parque Estatal Serra do Mar cubre 25 municipios del estado de São Paulo y protege 332 mil hectáreas de Mata Atlántica divididas en 10 núcleos, lo que lo convierte en la unidad de conservación más grande de este bioma. El Núcleo Picinguaba está ubicado en el municipio de Ubatuba. Este centro tiene 47.500 hectáreas y está compuesto por diferentes paisajes, protegiendo áreas de restinga, manglares, playas, cascadas y bosques. Además de la importancia para la conservación de la Mata Atlántica, este centro es importante para la conservación de la cultura tradicional caiçara y quilombola. En este parque también se desarrollan actividades de turismo sostenible, investigación científica y educación ambiental.
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La Finca Bananal fue originalmente una finca del siglo XVII que tenía actividades de exploración de oro y producción de azúcar, cachaza y harina de mandioca. Esta finca fue restaurada con el fin de crear una finca educativa basada en la agroecología, trabajando por la preservación y educación infantil para un futuro sustentable. La finca tiene una superficie total de 180 hectáreas, de las cuales el 70% están destinadas a la conservación de la Mata Atlántica. La finca también cuenta con jardín, huerto, sistemas agroforestales y animales de granja, lo que permite el desarrollo de actividades de educación ambiental y producción sostenible.
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El Núcleo Cunha fue creado en 1977, con la apertura del Parque Estatal Serra do Mar. Está ubicado al norte del estado de São Paulo en los condados de Cunha y Ubatuba. El parque tiene una extensión de 13,3 mil hectáreas donde se encuentran remanentes de bosque nebular y bosques de Araucaria. Además, el parque contribuye a la regulación del aire y el clima, protegiendo las colinas, laderas y suelos. Los principales ríos que se encuentran en el parque proporcionan agua potable y generación de energía eléctrica para los condados circundantes. Además, en el parque hay un centro de visitantes y caminatas guiadas programadas.
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Ubicado en las montañas de la Serra da Mantiqueira, el Parque Nacional Itatiaia está ubicado en un mosaico de unidades de conservación públicas y privadas, que cubre los estados de Río de Janeiro y Minas Gerais. Presenta un relieve montañoso rocoso, con altitud que varía de 600 a 2.791 m (Pico das Agulhas Negras), tiene un área de 28.084 hectáreas y cubre varias categorías de bosques debido a la gran amplitud de variación altitudinal, los transectos se ubican en el rango de 2000 a 2300 msnm compuesto de bosque nebular (bosque lluvioso denso de alta montaña), un área con un promedio de 220 días con eventos de neblina por año. El área del Parque comprende los manantiales de 12 importantes cuencas hidrográficas regionales, que desembocan en dos cuencas principales: el Río Grande, afluente del río Paraná, y el río Paraíba do Sul, el más importante de Río de Janeiro.
Esta reserva privada tiene 672 ha ubicadas en las montañas Serra da Mantiqueira, en un paisaje con varias otras unidades de conservación, que sirve como zona de amortiguamiento del Parque Nacional Itatiaia. Originalmente, esta selva tropical en los años 40-50 se explotó para obtener madera para carbón. Posteriormente, parte del área deforestada se utilizó para ganado de baja densidad. En 2007, la nueva administración definió las prioridades de uso del lugar: conservación y preservación ambiental, investigación y educación, turismo de montaña, deportes de montaña, producción animal y vegetal sustentable. Protege un importante remanente forestal, en un área prioritaria para la conservación de la biodiversidad, albergando muchas especies endémicas de plantas y animales, y especies en peligro de extinción.
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